本中心在立法院社會福利及衛生環境委員會的推動及衛生福利部的支持下，於104年兒童節前夕(4/2)正式成立「兒童醫學及健康研究中心」(簡稱：兒研中心)，並由醫療發展基金補助國家衛生研究院辦理「兒童醫學及健康研究中心計畫」。

本中心成立目的主要為精進兒童醫療照護服務品質、提升我國兒童健康水平及增進我國兒童健康福祉，同時邀請各界專家學者為兒研中心之發展提供建議。